芒果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析（二） 双尾检测相关性不显著
我要评论2.2 中性绘图分析
芒果叶绿体基因组GC12的芒果密码取值范围在0.33～0.56之间，GC3的叶绿因组取值范围在0.18～0.32之间，基因全部落在中线对角线上方（图1）。体基GC12与GC3的使用相关系数0.279（表2），双尾检测相关性不显著，偏好回归系数（曲线斜率）为0.3544，性分析相关性较弱。芒果密码结合图1和表2表明芒果叶绿体基因组密码子第1、叶绿因组2位和第3位碱基之间关联性不大，体基自然选择在芒果叶绿体基因组密码子偏好使用中起主要作用。使用
2.3 ENC-plot绘图分析
ENC-plot绘图以ENC比值[（预期ENC值～实际ENC值）/预期ENC值]和ENC比值频数判断偏好性影响因素，偏好揭示ENC与GC3s的性分析关系，反映碱基组对密码子偏好性的芒果密码影响程度。基因坐标点离标准曲线的叶绿因组距离近且数量较多说明偏好性主要受到突变的影响；反之说明偏好性受选择的影响较大。图2结合表3显示60%共33个基因分布在–0.05～0.05之间，体基这33个基因的实际ENC值与预期ENC值接近，与标准曲线的距离较近，分布在–0.05～0.05之外的基因有22个，这22个基因与预期ENC值较远，在标准曲线较远的位置。说明芒果基因组密码子偏好性与GC3的差异有关，突变对芒果叶绿体基因组密码子偏好性的影响较大。
2.4 PR2-plot绘图分析
PR2-plot绘图通过分析密码子第3位碱基的组成关系，揭示密码子使用偏好性的影响因素。由图3可以看出芒果基因在4个区域内分布不均匀，多数分布于平面图的左下方。T和C在密码子第3位出现的频率较高，G与C、A与T的使用频率不相等，T的使用频率高于A，C的使用频率高于G，嘧啶的使用频率高于嘌呤，说明突变不是影响芒果密码子使用偏好性的唯一因素，选择等其他因素对芒果密码子使用偏好性也产生一定的影响。
2.5 相对同义密码子使用度分析
利用codonW软件对芒果55条基因序列的RSCU值进行计算（表4）。结果显示RSCU＞1的密码子共31个，出现频率相对较高的是以A（13个）或T（16个）结尾的密码子，是芒果基因组偏爱；以G（1个）或C（1个）结尾的密码子出现的频率较低且RSCU值多小于1，说明这些是基因组非偏好的密码子。
相关链接：芒果，基因组，嘧啶，嘌呤
声明：本文所用图片、文字来源《热带作物学报》，版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题，请与本网联系
相关文章
- 据浙江省教育考试院消息2025年3月全国英语等级考试2025年3月全国计算机等级考试浙江省2025年4月全国高等教育自学考试浙江省2025年普通高校专升本考试成绩已经公布查询方式↓2025年3月全国英2025-05-12
稻妻区域作为原神中文化氛围浓厚且地形复杂的开放世界板块，其NPC赠礼系统包含大量隐藏资源。基于实地勘测与数据验证，整理出全区域NPC赠礼触发条件及坐标定位方案，为探索者提供系统性指引。2025-05-12
往日不再中极具挑战性的支线任务"小红莱利"要求玩家在危机四伏的开放世界中展开一场高强度的生存救援行动。本攻略将从任务触发机制、核心流程解析、战斗策略优化、资源管理技巧四大维度进行深入剖析，帮助玩家以专2025-05-12
作为汉字解谜类游戏的现象级关卡，"美食菜单纠错"凭借其34处精心设计的文字陷阱成为玩家热议的焦点。本攻略将从汉字构造原理、视觉干扰机制、常见错误类型三个维度进行深度解析，帮助玩家系统掌握破解技巧。2025-05-12
近日董大爷在家中接到了一条快递到达驿站的短信可他凭借着取件码却取不出快递于是拨打了短信上留的电话号码打算问问是怎么回事儿电话接通后对方只字未提快递的事反而告知董大爷开通了百万保障每月需扣费800元董大2025-05-12
我功夫特牛作为一款融合Roguelike元素的动作手游，其核心玩法围绕角色成长与荣誉值积累展开。荣誉值不仅是玩家实力的象征，更是解锁高阶装备、提升角色属性的关键资源。将从机制解析、策略优化、实战操作三2025-05-12
最新评论